由于生殖系統的局部病變和全身性疾病引起的閉經，稱為病理性閉經。引起病理性閉經的原因很多，可分為以下幾個方面：
(1)精神因素。精神上的創傷、恐懼、緊張等。
(2)營養不良。
(3)全身性疾病。如嚴重貧血、結核、腎臟病、糖尿病等。
(4)子宮本身疾病。如先天性無子宮、子宮發育不良、創傷、刮宮過深、宮腔粘連等。
(5)卵巢疾病。如卵巢先天性缺如或發育不良或手術切除、惡性腫瘤等。
(6)內分泌腺疾病。如垂體、甲狀腺、腎上腺等的病變。另外尚需注意，有些閉經屬于假性閉經，即有月經周期的變化，但因先天性畸形或后天的損傷使經血不能外流，而引起的這類閉經。這些病人往往有下腹周期性脹痛，并且逐月加重，與上述真性閉經不同。
